中小企業の経理代行選び！導入メリットや費用相場、失敗しないポイントを徹底解説

多くの経営者にとって、日々の売上管理や資金繰りは最優先事項ですが、それに付随する領収書整理や記帳業務といった経理作業は大きな負担となりがちです。特に近年はインボイス制度や電子帳簿保存法への対応も求められ、中小企業の経理業務は複雑化の一途をたどっています。そこで注目されているのが、プロに業務を任せる「経理代行」です。本記事では、中小企業が経理代行を活用するメリットや税理士との違い、具体的な費用相場について詳しく解説し、自社に最適な選択をするための判断材料を提供します。

【2026年最新比較表あり】おすすめ経理代行サービス比較14選！選び方とおすすめ企業を料金・業務範囲で解説

中小企業における経理代行とは？税理士や派遣との違い

多くの中小企業経営者が抱える悩みとして、経理担当者の不在や、誰にどの業務を任せるべきかという判断の難しさが挙げられます。経理代行とは、企業の日々の経理業務を外部の専門業者に委託するサービスのことですが、税理士や派遣社員との違いが曖昧なまま検討しているケースも少なくありません。それぞれの役割や費用対効果を正しく理解し、自社の現状に最も適したリソースを選択することが、バックオフィス業務の効率化とコスト適正化への第一歩となります。ここでは、経理代行の基本的な概要と、他の選択肢との明確な違いについて掘り下げていきます。

経理代行（アウトソーシング）のサービス概要

経理代行とは、記帳や請求書発行、振込代行といった日常的な経理実務を、企業の代わりに専門業者が行うBPOサービスを指します。税務申告だけを行う税理士とは異なり、日々の細かい事務作業を丸ごと任せられる点が最大の特徴です。最近ではクラウド会計ソフトを活用してオンラインで完結するサービスも増えており、経理担当者を一人雇用するよりも低コストで運用できる場合が多くなっています。プロが業務を遂行するため、正確性が高く、法改正への対応もスムーズに行われるため、多くの中小企業で導入が進んでいます。

【比較】中小企業は「経理代行」と「顧問税理士」どちらに依頼すべき？

顧問税理士と経理代行の役割は明確に異なります。税理士の主な業務は、作成された決算書に基づく税務申告や税務相談であり、日々の記帳や請求書作成といった作業は本来の業務範囲外であることが一般的です。一方、経理代行は日々の実務作業そのものを請け負います。もし社内で記帳まで完了できる体制があれば税理士のみで十分ですが、領収書の整理や日々のデータ入力すら手が回らない状態であれば、経理代行の利用が必要です。最近では記帳代行まで引き受ける税理士もいますが、専門の代行業者の方がコストを抑えられる傾向にあります。

【比較】経理社員の採用・派遣と比べた際の違い

社員や派遣スタッフを採用する場合と経理代行を比較した際の最大の違いは、コストの変動性と安定性です。人を雇用すれば、業務量に関わらず毎月の給与や社会保険料、採用コスト、教育費といった固定費が発生します。また、退職リスクや欠勤対応などの管理コストも無視できません。対して経理代行であれば、業務量に応じた料金設定や定額プランを利用することで、経費を変動費化できるメリットがあります。さらに、チーム体制で業務を行う代行業者であれば、担当者の不在や退職による業務停滞のリスクを完全に排除することが可能です。

中小企業が経理代行を導入する3つのメリット

リソースが限られている中小企業にとって、経理業務をアウトソーシングすることは単なる手間の削減以上の経営的メリットをもたらします。経理部門を内製化することにこだわると、採用難や急な退職といった人事リスクに常にさらされることになりますが、代行サービスをうまく活用すれば、これらの課題を一挙に解決できる可能性があります。ここでは、コスト面での優位性、組織としての安定性、そして経営者自身の生産性向上という3つの観点から、中小企業が経理代行を導入することで得られる具体的な恩恵について解説します。

採用コスト・人件費を削減し、固定費を変動費化できる

中小企業が経理担当者を一人採用する場合、給与だけでなく社会保険料、交通費、賞与、さらには採用媒体への掲載費やエージェント費用など、多額のコストがかかります。これらは業務量に関わらず発生する固定費となり、経営を圧迫する要因になり得ます。経理代行を導入すれば、必要な業務量に対してのみ対価を支払う形になるため、これらのコストを変動費としてコントロール可能です。また、繁忙期と閑散期に合わせてプランを調整できるサービスもあり、無駄な人件費を支払う必要がなくなり、資金繰りの改善にも寄与します。

急な退職リスクがなくなり、経理業務が安定する

中小企業では経理担当者が一人しかいない「ひとり経理」の状態が多く、その担当者が急に退職したり休職したりすると、会社の経理機能が完全にストップしてしまうリスクがあります。引継ぎが不十分なまま退職されると、ブラックボックス化した業務を紐解くのに膨大な時間がかかります。経理代行を利用すれば、代行業者のチーム全体で業務フローを共有・管理するため、特定の個人に依存することがなくなります。常に安定した品質で業務が遂行され、担当者の入れ替わりを心配する必要がない点は、経営上の大きな安心材料となります。

経営者自身がコア業務（売上を作る仕事）に集中できる

創業間もない企業や小規模な事業者では、経営者自身が夜間や休日に領収書整理や振込業務を行っているケースが少なくありません。しかし、経営者の本来の役割は、事業戦略の立案や営業活動、組織マネジメントといった、会社の売上と未来を作る「コア業務」に時間を割くことです。利益を生まないバックオフィス業務に経営者の貴重なリソースを費やすのは、会社全体の成長スピードを鈍化させる要因になります。経理代行を活用して事務作業を手放すことで、経営者は本業に専念できる環境を手に入れ、事業成長を加速させることができます。

デメリット・注意点：中小企業が経理代行で失敗しないために

経理代行は多くのメリットをもたらしますが、導入方法を誤ると予期せぬトラブルや非効率を招く恐れがあります。外部に業務を委託するということは、社内から業務プロセスが見えにくくなるということであり、適切な管理体制を敷かなければブラックボックス化が進んでしまう可能性も否定できません。また、大切な財務データを外部に渡すことによるセキュリティリスクも考慮する必要があります。ここでは、導入前に必ず理解しておくべきデメリットや注意点、そしてトラブルを未然に防ぐための対策について具体的に解説します。

社内に経理のノウハウが蓄積されにくい

経理業務を全面的にアウトソーシングすると、社内の人間が経理の細かい流れや処理方法を把握できなくなるという側面があります。これは、将来的に企業規模が拡大して経理部門を内製化しようとした際に、業務フローを再構築するためのハードルとなる可能性があります。また、代行業者からの月次レポートのみを確認する体制になると、リアルタイムの資金状況や細かい経費の動きに経営者が疎くなってしまうリスクも考えられます。定期的なミーティングを設けたり、いつでもデータを確認できるクラウドツールを導入したりする対策が必要です。

セキュリティ対策と情報漏洩リスクへの対応

経理代行では、通帳のコピーや請求書、社員の給与情報といった極めて機密性の高い情報を外部業者に渡すことになります。そのため、委託先のセキュリティ体制が脆弱であれば、情報漏洩のリスクが高まります。契約前には、プライバシーマーク（Pマーク）やISMS（情報セキュリティマネジメントシステム）の取得状況を確認することが重要です。また、データのやり取りに暗号化された通信を使用しているか、スタッフへの守秘義務教育が徹底されているかなど、セキュリティポリシーを詳細にチェックし、信頼できる業者を選定しなければなりません。

領収書の丸投げは可能？依頼時のルール設定の重要性

「領収書を封筒に入れて送るだけの丸投げOK」と謳うサービスもありますが、事前のルール設定なしに全てを任せると、不明金が増えたり、処理の意図が伝わらず誤った仕訳が発生したりする原因になります。例えば、交際費の相手先や目的が不明確なままでは、適切な税務処理ができず、後々の税務調査で否認されるリスクもあります。完全に丸投げするのではなく、「いつまでに送るか」「不明点はどう確認するか」「資料の受け渡し方法」などの運用ルールを明確に定めておくことが、高品質かつスムーズな代行業務を実現するための鍵となります。

【料金表】中小企業の経理代行にかかる費用相場

経理代行の導入を検討する際、最も気になるのが費用対効果です。料金体系は依頼する業務の範囲やボリューム、または月額固定制か従量課金制かによって大きく異なります。安さだけで選ぶと必要なサービスが含まれていなかったり、逆に高額なプランでは自社に不要な機能まで付帯していたりすることもあります。適正な価格でサービスを利用するためには、業務ごとの相場観を正しく理解しておくことが不可欠です。ここでは、中小企業が経理代行を利用する際の一般的な料金目安と、費用が変動する要因について表を用いて解説します。

業務内容	月額費用の目安	備考
記帳代行	10,000円 〜 50,000円	仕訳数（100仕訳まで等）により変動
給与計算	1,000円 〜 2,000円 / 1人	従業員数に応じた従量課金が一般的
振込代行	500円 〜 1,000円 / 1件	ネットバンキング利用で安くなる場合あり
請求書発行	10,000円 〜 30,000円	発行枚数や郵送代行の有無による
フルパッケージ	100,000円 〜	上記すべてを含む総合的な代行

記帳代行・給与計算など業務ごとの料金目安

上記の表の通り、記帳代行は仕訳数（取引数）によって料金が決まるケースが一般的です。月100仕訳程度であれば数万円で収まりますが、取引量が多い場合は追加料金が発生します。給与計算は従業員一人あたりの単価設定が多く、基本料金プラス人数分という計算になります。また、年末調整や決算サポートは月額費用とは別に、年1回のスポット料金として請求されることがほとんどです。自社の取引数や従業員数を正確に把握し、必要なオプションを含めたトータルコストで見積もりを比較することが重要です。

月額固定型と従量課金（時間制）型の費用の違い

料金体系には大きく分けて、業務内容ごとに決まった金額を支払う「月額固定型」と、実働時間に応じて課金される「時間制（タイムチャージ型）」があります。月額固定型は毎月の支払額が一定であるため予算管理がしやすい反面、業務量が少ない月でも同額の支払いが必要です。一方、時間制はアシスタントが稼働した時間分だけ支払うため、無駄がありませんが、業務が複雑化して時間がかかると予想以上にコストが膨らむ可能性があります。定型業務が多い場合は固定型、不定期な依頼が多い場合は時間制を選ぶのが賢明です。

格安サービスと高品質サービスで料金が変わるポイント

市場には月額数千円からの格安サービスも存在しますが、これらは主にAIによる自動仕訳や海外へのオフショア委託、あるいは完全オンライン対応によってコストを下げています。対して料金が高めのサービスでは、有資格者によるダブルチェック体制、税理士との密な連携、業務フロー改善のコンサルティングなどが含まれています。安さだけを追求すると品質や対応スピードに不満が出ることもあるため、自社が求めるのは「最低限の処理」なのか、それとも「安心感や業務改善」なのかを見極め、価格と品質のバランスを考慮する必要があります。

どこまで頼める？中小企業向け経理代行の業務範囲

「経理代行」と一口に言っても、対応可能な業務範囲は業者によって様々です。単純なデータ入力のみを行う業者もあれば、銀行振込や請求書の発行、さらには給与計算や年末調整といった専門的な知識を要する業務まで幅広くカバーする業者も存在します。自社が抱えている課題を解決するためには、どの業務を切り出して依頼できるのかを具体的にイメージすることが大切です。ここでは、中小企業が一般的にアウトソーシング可能な経理業務の範囲と、それぞれの業務を委託する際のポイントについて詳しく見ていきます。

記帳代行・仕訳入力・領収書整理

経理代行の最も基本的なサービスが記帳代行です。日々の取引記録である領収書、請求書、通帳のコピーなどを預かり、会計ソフトへ仕訳データとして入力し、試算表などの帳簿を作成します。これまでは紙の資料を郵送するのが主流でしたが、最近ではスキャンデータやスマホで撮影した画像をクラウド上にアップロードするだけで対応してくれるサービスも増えています。領収書の整理から丸投げできるプランもありますが、整理済みの資料を渡す場合と比較して料金が割高になるため、自社の手間とコストのバランスを考える必要があります。

請求書発行・振込代行・売掛金管理

売上に直結する請求書の発行や、取引先への支払いを代行する振込業務も依頼可能です。請求書発行代行では、販売データをもとに請求書を作成し、メール送付や郵送手続きを行います。これにより、発行漏れや誤請求のリスクを減らせます。また、振込代行では、インターネットバンキングの作成権限のみを代行業者に付与し、最終的な承認（承認ボタンの押下）は経営者が行うことで、セキュリティを担保しつつ手間を削減する仕組みが一般的です。売掛金の入金消込まで依頼すれば、未回収リスクの早期発見にもつながります。

給与計算・年末調整・勤怠管理

毎月の給与計算は、社会保険料率の変更や法改正への対応が必要であり、専門知識が求められる業務です。これを代行することで、計算ミスを防ぐとともに、給与情報の社内漏洩リスク（誰がいくら貰っているか等）を回避できます。勤怠管理システムと連携して、残業代の計算から給与明細の発行まで一気通貫で行うことも可能です。また、年末調整のような年1回の繁忙期に発生する業務も、経理代行に依頼することで、社内リソースを圧迫することなくスムーズに完結させることができます。

クラウド会計導入支援とDX化サポート

近年の中小企業向け経理代行では、単なる作業代行だけでなく、freeeやマネーフォワードといったクラウド会計ソフトの導入支援を行うケースが増えています。従来のインストール型ソフトやエクセル管理からクラウドへ移行することで、銀行口座やクレジットカードとの自動連携が可能になり、業務効率が飛躍的に向上します。代行業者によっては、チャットツールを使った連絡体制の構築や、ペーパーレス化の提案など、経理業務全体のデジタルトランスフォーメーション（DX）をサポートしてくれるため、体制強化を目指す企業に最適です。

中小企業におすすめの経理代行サービス比較・選び方

数多くの経理代行サービスが存在する中で、自社に最適な一社を見つけるのは容易ではありません。選択を誤ると、期待していたほどの効果が得られなかったり、逆にコミュニケーションコストが増大したりする可能性があります。選定の基準となるのは、自社の規模感、予算、そして「オンラインで完結させたいか」「対面での手厚いサポートが必要か」といったニーズの違いです。ここでは、サービスのタイプを大きく3つに分類し、それぞれの特徴やおすすめの企業タイプについて比較・解説します。

自社の規模・予算に合った「特化型」か「総合型」か

経理代行サービスを選ぶ際は、まず自社が何を重視するかを明確にする必要があります。特定の業務（例：記帳のみ、給与計算のみ）を低価格で依頼したい場合は「特化型」や「オンライン完結型」が適しており、コストを抑えつつスピーディな対応が期待できます。一方、経理業務全般のフロー構築から相談したい、あるいは総務や人事労務も含めてバックオフィス全体を任せたい場合は「総合型」や「訪問対応型」がおすすめです。自社の成長フェーズや予算に合わせて、必要なサービス範囲を柔軟に選択できる業者を選ぶことが成功の鍵です。

【オンライン特化】安価でスピーディな経理代行

メリービズやCASTER BIZ（キャスタービズ）経理などに代表されるオンライン特化型サービスは、チャットツールやクラウド会計ソフトを駆使して業務を行います。全国どこからでも依頼可能で、優秀なリモートスタッフがチームで対応するため、即応性とコストパフォーマンスに優れています。郵便物のやり取りを極力減らし、データ共有で完結させるスタイルが多いため、ITツールに抵抗がない企業や、スピーディな経営判断を求めるスタートアップ、ペーパーレス化を推進したい中小企業に特におすすめです。

【訪問・総合型】手厚いサポートが可能な経理代行

従来の会計事務所の延長線上にあるような、担当者が定期的にオフィスを訪問してくれるサービスや、紙の資料整理から丁寧に対応してくれる総合型サービスです。社内のPCを使って作業をしてほしい場合や、ITツールの導入が難しいアナログな環境の企業に適しています。対面でのコミュニケーションが可能なため、細かなニュアンスを伝えやすく、安心感があります。ただし、訪問にかかる交通費や拘束時間がコストに反映されるため、オンライン型と比較して料金は高めに設定される傾向があります。

【税理士法人系列】決算・申告までワンストップ対応可能な代行

母体が税理士法人である、もしくは税理士と強力な提携関係にある経理代行サービスです。日々の記帳代行から、決算書の作成、法人税の申告までを一つの窓口でワンストップに依頼できる点が最大のメリットです。データの受け渡しや質問のやり取りが二度手間にならず、税務的な視点に基づいた記帳が行われるため、決算前の修正作業も最小限に抑えられます。税務顧問契約とセットで依頼することで割引が適用されるケースもあり、経理と税務を切り離さずに管理したい企業にとって最も効率的な選択肢と言えます。

中小企業が経理代行へスムーズに切り替える導入フロー

経理代行を導入することを決断しても、明日からすぐに全ての業務を丸投げできるわけではありません。既存の業務フローを整理し、代行業者へ正確に引き継ぐための準備期間が必要です。このプロセスを疎かにすると、依頼漏れが発生したり、現場が混乱したりする原因となります。スムーズな移行を実現するためには、適切な手順を踏んでプロジェクトを進めることが大切です。ここでは、導入検討から実際の運用開始までに必要なステップと、それぞれの段階で意識すべきポイントについて解説します。

現状の業務棚卸しとアウトソーシング範囲の決定

最初に行うべきは、現在社内で行っている経理業務の棚卸しです。「誰が」「いつ」「どのようなツールを使って」「何をしているか」をリストアップし、可視化します。その上で、全ての業務を外部に出すのか、あるいは請求書発行や現金の管理など一部の業務は社内に残すのかを決定します。この段階で「コア業務」と「ノンコア業務」を明確に区分けし、代行業者に任せる範囲（スコープ）を定義することで、見積もりの精度が高まり、後のトラブルを防ぐことができます。

見積もり依頼から契約・守秘義務契約（NDA）の締結

業務範囲が決まったら、複数の代行業者に見積もりを依頼し、比較検討を行います。料金だけでなく、対応の柔軟性や担当者のレスポンスの早さも重要な選定基準です。委託先が決定したら、契約手続きに進みますが、この際に最も重要なのが「秘密保持契約（NDA）」の締結です。経理情報は企業の心臓部とも言える重要データですので、情報漏洩時の責任の所在やデータの取り扱いについて厳格な取り決めを交わす必要があります。契約内容に不安がある場合は、法務の専門家にチェックを依頼することも検討しましょう。

資料共有・引き継ぎ期間のスケジュール感

契約締結後は、実際の業務引き継ぎ期間に入ります。過去の帳簿データ、使用している会計ソフトのアカウント権限、領収書や請求書のフォーマットなどを共有します。一般的には、1ヶ月〜3ヶ月程度の並走期間（トライアル期間）を設け、最初の月は社内担当者と代行業者で二重チェックを行いながら進めるのが安全です。この期間に、質問対応やルールの微調整を繰り返し、徐々に代行業者主体の運用へとシフトしていきます。余裕を持ったスケジュールを組むことが、安定稼働への近道です。

まとめ：自社に合う経理代行を選び、中小企業の経営を効率化しよう

中小企業にとって経理代行は、人手不足の解消やコスト削減だけでなく、経営者がコア業務に専念するための強力な手段となります。税理士との役割分担を理解し、記帳代行や給与計算など自社に必要な業務範囲を明確にすることで、費用対効果の高いアウトソーシングが可能になります。まずは現状の業務課題を整理し、複数のサービスから見積もりを取ることから始めてみましょう。自社に最適なパートナーを見つけ、バックオフィス体制を強化することで、企業のさらなる成長と安定経営を実現してください。

【2026年最新比較表あり】おすすめ経理代行サービス比較14選！選び方とおすすめ企業を料金・業務範囲で解説