決済代行でインボイス対応を効率化！制度の仕組みとおすすめサービス徹底比較

インボイス制度の開始以降、経理・管理部門は「登録番号の管理」や「厳格なフォーマット対応」など、かつてない業務負荷に直面しています。これらを手作業で処理し続けることは、記載ミスによる税額控除否認やコスト増大のリスクを招きかねません。

結論から申し上げますと、これらの課題を解決する最適解は「決済代行サービスの導入」です。

請求発行から入金消込、法改正対応までをシステムで自動化し、法令順守と業務効率化をいかに両立させるか。本記事では、その具体的な仕組みとサービスの選び方を徹底解説します。

【2026年最新比較表あり】おすすめの決済代行サービス比較35選！　導入のメリットや注意点も解説

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インボイス制度とは

インボイス制度（適格請求書等保存方式）とは、買い手が消費税の仕入税額控除を受けるために、売り手が発行する「適格請求書（インボイス）」の保存を義務付ける制度です。

従来の仕組みよりも適用条件が厳格化されており、正確な処理を行わなければ余分な税金を払うリスクが生じます。制度の全体像は以下の通りです。

項目	内容
開始時期	2023年10月1日より適用開始
対象取引	消費税が課税される事業者間の国内取引すべて
必須アクション	税務署へ申請し「適格請求書発行事業者」としての登録を受けること
請求書の要件	登録番号（T+13桁の数字）、適用税率（8%・10%）ごとの対価と消費税額の明記
保存期間	発行したインボイスの写しを7年間保存

【従来との大きな違い】

これまでは請求書に税率のみ記載すれば良く、フォーマットも自由でした。しかし現在は、登録番号などの記載要件が一つでも欠けると、買い手側は支払った消費税を控除できなくなります。

【経理・管理部門の負担増】

制度対応をすべて手作業や自社開発で行う場合、以下の業務負荷が経営の足かせとなります。

• 取引先ごとの登録番号確認と有効性のチェック
• 要件を満たした請求書フォーマットの作成と維持
• 膨大な紙やデータの適法な保存と検索性の確保
• 電子帳簿保存法と連動したシステム改修

これらを内製化するには莫大なコストがかかるため、外部システムの活用が推奨されています。

インボイス制度における決済代行サービスの役割と重要性

インボイス制度下において決済代行サービスを見直すべき最大の理由は、

「クレジットカードの利用明細」が税務上の正式な請求書として認められなくなり、代わりの発行手段を確保する必要があるからです。

特にBtoB取引やECサイト運営において、適切なインボイスを発行できない事業者は取引先から敬遠されるリスクが高まります。ここでは、法的な背景と見直しの必要性を解説します。

そもそもクレジットカード利用明細はインボイス（適格請求書）として認められない

クレジットカード会社から届く「利用明細書」は、あくまで代金の立替払いの記録であり、商品やサービスの売り手が発行した書類ではないため、原則としてインボイス（適格請求書）としては扱われません。 経費として処理し税額控除を受けるためには、実際に商品を購入した店舗やサービス提供者が発行する、登録番号入りの「領収書」や「レシート」を別途入手し、保存する必要があります。

決済代行会社が代理発行できる「媒介者交付特例」の仕組みとは

本来、インボイスは売り手（店舗など）が発行するものですが、決済代行会社を介する場合、売り手に代わって代行会社がインボイスを発行できる「媒介者交付特例」という制度が利用できます。 この特例に対応した決済代行サービスを使えば、売り手は以下のメリットを享受できます。

• 発行義務の免除： 売り手自身の名称や登録番号の代わりに、決済代行会社の情報を記載したインボイスを交付できる（または売り手の情報を代行会社が記載して発行する）ため、個別に領収書を作成する手間が省けます。
• 事務負担の軽減： システムが自動で要件を満たした書類を発行するため、手書き対応などが不要になります。

インボイス制度対応のために決済代行サービスを見直すべき理由

インボイス発行機能を持たない古い決済システムを使い続けることは、「顧客に税負担を強いる」ことになり、解約や客離れに直結する経営リスクとなります。 顧客から「インボイスを発行してください」と求められた際、即座に対応できないシステムでは信頼を損ないます。また、経理担当者が手動で税率計算や番号確認を行うのは非効率です。法対応済みの最新サービスへ切り替えることは、コンプライアンス遵守だけでなく、バックオフィスの生産性を守るための必須投資と言えます。

決済代行サービスとは

決済代行サービスとは、クレジットカードや電子マネーなどの多様な決済手段を一括導入できるだけでなく、インボイス制度や電子帳簿保存法に対応した請求・入金管理機能をクラウドで提供するシステムのことです。 現代の決済代行サービスは、単なる「集金代行」を超え、経理DXの中核を担っています。

【主な機能と導入メリット】

• インボイスの自動生成： 取引先ごとに異なるテンプレートへ、登録番号や税区分を自動反映して発行。
• 登録番号の管理： 取引先の登録番号や有効期限をシステム上で一元管理し、更新漏れを防ぐ。
• 入金消込の自動化： 銀行振込などの入金データと請求データを自動で照合し、消込作業を完了させる。
• 法改正への自動追従： 制度変更があっても、ベンダー側でシステムがアップデートされるため、自社改修が不要。

これらの機能を活用することで、月数百時間かかっていた手作業を数十分に短縮し、ヒューマンエラーによる税務リスクを回避できます。

インボイス対応における決済代行サービスのメリット

決済代行サービスを導入すれば、インボイス発行から入金消込、データ保存までの一連の業務を自動化でき、管理部門のリソースをコア業務へシフトできるというメリットがあります。 具体的な効率化ポイントは以下の通りです。

• 適格請求書発行の完全自動化
  • 請求データをアップロードするだけで、登録番号・税率計算済みのインボイスを作成。
  • 計算ミスや記載漏れといった人的ミスを物理的に排除できます。
• 入金確認・消込工数の削減
  • 銀行口座やカード決済の入金情報を自動取得し、請求額とAIがマッチング。
  • 振込名義の相違などのイレギュラーも学習し、目視確認の手間を激減させます。
• 多様な決済手段のワンストップ管理
  • クレジットカード、口座振替、掛け払い（後払い）などを一つの管理画面で統制。
  • 「どの請求が、どの手段で支払われたか」をリアルタイムで把握可能です。
• 電子帳簿保存法への標準対応
  • 発行したインボイスの控えを、法的要件（タイムスタンプや検索機能など）を満たした状態でクラウド保存。
  • 紙の保管コストや、ファイリングの手間をゼロにします。
• 法制度変更へのメンテナンスフリー
  • 将来的な税制改正や法律の変更にも、サービス提供側がシステムを更新するため、自社での対応コストが発生しません。

インボイス対応の決済代行サービスを選ぶ3つの比較ポイント

自社に最適なサービスを選ぶためには、「自社の運用フローの中で、どこまで自動化できるか」という実務レベルでの適合性を確認することが重要です。 単に「対応済み」という表記だけで選ばず、以下の3点を必ずチェックしてください。

決済代行システムから直接インボイス（適格請求書）が発行・ダウンロードできるか

顧客自身がWeb上でインボイスを取得できる機能があるかは、問い合わせ対応数を減らすための最重要ポイントです。 特にECサイトやWebサービスの場合、購入完了メールやマイページの購入履歴画面がそのままインボイスとして利用できれば、個別発行の手間がなくなります。

• PDFダウンロードが可能か？
• メールで自動送付されるか？
• その書類は法的な記載要件を完全に満たしているか？ これらをデモ画面で確認しましょう。

自社の会計システム・POSレジと連携し、インボイスの経理処理を自動化できるか

決済データを会計ソフトへ自動で流し込み、仕訳入力の手間をなくせるかを確認してください。 インボイス制度では税率ごとの区分経理が必要となり、手入力はミスの温床です。現在使用している「freee」「マネーフォワード」などの会計ソフトや、店舗のPOSレジとAPI連携ができるサービスを選べば、売上計上から仕訳作成までをノンストップで処理できます。

BtoB取引における「掛け払い（請求代行）」でもインボイス対応が可能か

企業間取引で主流の「掛け払い（請求書払い）」を利用する場合、代行会社が発行する請求書がインボイス要件を満たしているかを確認する必要があります。 BtoB決済代行（請求代行）サービスを利用する場合、与信審査や回収業務だけでなく、発行される請求書等の端数計算処理や登録番号の記載が正確であることが必須条件です。自社のビジネスがBtoBメインであれば、請求代行機能のインボイス対応力を最優先に評価しましょう。

インボイス制度に対応したおすすめ決済代行・請求代行サービス比較

事業形態によって最適なサービスは異なります。「店舗」「EC」「BtoB」それぞれのシーンで強みを発揮する代表的なサービスを整理しました。

カテゴリー	想定ユーザー	代表的サービス	特徴
店舗・対面	飲食店、小売店	Square, Airペイ	レシートプリンターと連動し、その場でインボイスを発行可能。
EC・Web	ネットショップ	Stripe, SBペイメント	API連携により、購入メールやマイページで電子インボイスを自動交付。
BtoB・請求	卸売、法人営業	Paid, NP掛け払い	与信管理から請求書発行、回収まで代行し、適格請求書も自動送付。

【店舗・対面向け】インボイス発行に対応した決済代行サービス（Square・Airペイなど）

実店舗では、決済と同時にレシート形式のインボイスを即座に渡せるスピード感が求められます。 「Square」や「Airペイ」などは、専用アプリとカードリーダー、プリンターがスムーズに連携しており、設定さえすれば自動的に登録番号入りのレシートが出力されます。SMSやメールでの電子レシート送信機能も備えており、ペーパーレス派の顧客にも対応可能です。初期費用や固定費が安いものが多く、小規模事業者にも適しています。

【EC・オンライン向け】WEB領収書でインボイス発行可能な決済代行サービス

ECサイトでは、購入者自身が必要な時にインボイスをダウンロードできるセルフサービス化が鍵となります。 「Stripe」や「SBペイメントサービス」は、高度なAPIを提供しており、カートシステムと連携させることで、購入確認メールや会員ページから適格簡易請求書を発行できます。これにより、運営者が手動でPDFを作成してメール送付するといったアナログな作業を完全に排除できます。

【BtoB・請求業務向け】インボイス対応済みの請求代行・掛け払いサービス（Paid・NP掛け払いなど）

企業間取引では、毎月の請求書発行業務そのものをアウトソースし、未回収リスクも防ぐのが賢い選択です。 「Paid」や「NP掛け払い」などのBtoB特化型サービスは、与信審査、請求書発行、入金確認、督促までをすべて代行します。発行される請求書はもちろんインボイス制度準拠です。「適格請求書の発行」と「売掛金の保証」をセットで導入できるため、経理と営業双方の負担を劇的に軽減できます。

決済代行サービス導入によるインボイス対応効率化のステップ

決済代行サービスを導入し、業務フローを刷新するための標準的な手順は以下の通りです。要件定義から運用開始まで、およそ2〜3ヶ月を見ておくとスムーズです。

1. 現状把握・要件定義
   • 月間の請求件数、取引先数、現在の作業時間を数値化する。
   • 「必ず自動化したい範囲」と「システム連携が必要なソフト」を明確にする。
2. ベンダー選定・デモ検証
   • 3〜5社程度を比較し、デモ画面で実際の操作性（UI）を確認する。
   • インボイスの出力形式が自社の要望に合っているかチェックする。
3. トライアル運用
   • 一部の取引データを使って、請求発行から消込までのテストを行う。
   • サポート体制のレスポンス速度を確認する。
4. 契約・初期設定
   • 正式契約後、API連携の設定や請求テンプレートの登録を行う。
5. 社内教育・運用開始
   • 経理・営業担当者向けのマニュアルを作成し、新フローを周知する。
   • 本番稼働を開始し、エラーがないか監視する。
6. 効果検証・改善
   • 導入後の削減時間やミス発生率を計測し、運用ルールを微調整する。

決済代行サービスを利用したインボイス運用に関する質問（Q＆A）

決済代行サービスを利用したインボイス運用に関する質問をまとめました。

Q1. 決済代行サービスを使えば、自分でインボイス登録番号を取得しなくてもいいですか？

A. いいえ、ご自身の登録番号の取得は必須です。

決済代行サービスはあくまで「発行の代行」を行うツールです。インボイス（適格請求書）には、売り手である貴社の登録番号を記載する必要があります。まだ登録していない場合は、税務署への申請を行ってください。

Q2. 利用中のカートシステムがインボイス非対応ですが、決済代行側だけで対応できますか？

A. 可能な場合がありますが、連携確認が必要です。

Stripeなどの一部の決済サービスは、決済完了メールをインボイスとして送付する機能を持っています。これによりカート側の改修を最小限に抑えられるケースがあります。ただし、商品名や税率の内訳を正しく渡せるかなど、APIの連携仕様を確認する必要があります。

Q3. 免税事業者のままでも決済代行サービスは利用できますか？

A. 利用可能ですが、インボイスの発行はできません。

決済機能自体は利用できますが、免税事業者は「適格請求書発行事業者」になれないため、インボイス（登録番号入りの請求書）を発行する機能は使えません。取引先が課税事業者の場合、取引の見直しを求められる可能性がある点に注意してください。

まとめ

インボイス制度において、クレジットカードの利用明細はもはや法的な請求書としての効力を持ちません。そのため、「媒介者交付特例」を活用し、システムから自動的に適格請求書を発行できる決済代行サービスの導入が、業務効率化の最短ルートとなります。

• 店舗ならレシート即時発行
• ECならメール・Web発行
• BtoBなら請求・回収代行

このように自社のビジネスモデルに合ったサービスを選定することで、法令遵守はもちろん、経理業務の大幅なコストダウンを実現できます。制度対応に追われるのではなく、これを機に決済・請求システムを刷新し、強いバックオフィス体制を構築しましょう。

【2026年最新比較表あり】おすすめの決済代行サービス比較35選！　導入のメリットや注意点も解説