【2025年最新版】おすすめの在庫管理システム比較15選！　機能や料金、特長を徹底解説

業務効率化やヒューマンエラー削減を目的に、在庫管理システムの導入を検討する企業が増加しています。特にEC業界や卸売業界、小売業界などでは、在庫の可視化やリアルタイムな数量把握が経営に直結するため、適切な在庫管理システムの選定は非常に重要です。

そこで本記事では、おすすめの在庫管理システムをご紹介します。それぞれの特長や機能、費用などをまとめているので、在庫管理システムの導入を検討している方はぜひ参考にしてみてください。

在庫管理システムを選ぶ際に押さえておきたい5つのポイント

在庫管理システムは、単に在庫数を正しく記録するだけではなく、販売・購買・物流部門と連携して業務全体の効率化を実現するものです。自社で導入したときに想定した効果を得られるように、以下でご紹介する5つのポイントを事前に押さえておきましょう。

確認ポイント	概要
自社業態との適合性	・製造業、卸売業、EC、小売業などの業態によって、求められる在庫管理の粒度や対象品目が異なる ・自社に合った管理ができるかを確認することが大切
リアルタイム連携と多拠点対応	・複数倉庫や店舗を保有している場合、それぞれの場所でリアルタイムに在庫を把握する必要がある ・ハンディターミナルやスマートフォンとの連携機能の有無も確認しておく
システムの拡張性と外部連携	・販売管理・会計・ECモールといった外部システムとの連携可否は、長期的な運用効率に影響する ・将来的に拡張予定がある場合は、在庫管理システムを選ぶ時点で連携可能かを確認しておく
操作性とサポート体制	・現場スタッフが使いやすいUIであること、導入後にトラブル対応や操作説明などを受けられるかどうかを確認しておく
費用対効果	・初期費用・月額費用などを確認、予算内に収まるかどうかを検討 ・コストだけで判断せず、必要な機能を備えたプランを選ぶことが重要

【徹底比較】おすすめの在庫管理システムサービス一覧

ここからは、おすすめの在庫管理システムサービスをご紹介します。対応機能や料金プランなどをまとめているので、自社に合ったものを選んでみてください。

クラウド型在庫管理の定番！　株式会社ZAICO「zaico」

株式会社ZAICOが提供する「zaico」は、17万社以上で利用されている在庫管理システムです。シンプルで直感的に操作できる他、スマートフォン・タブレットを活用したモバイル対応や、バーコード・写真による物品登録にも対応。多機能かつスピーディな運用を行えます。

項目	内容
対応内容	物品登録、在庫管理、入出庫管理、棚卸作業
対応機能・特長	バーコード登録、写真登録、API連携、IoT連携、モバイル対応　など
連携	ネットショップ連携、POSレジ連携、Selesforce連携、freee連携、kintone連携　など
こんな企業におすすめ	・在庫管理システムを使ったことがない企業 ・多拠点運用の企業 ・業務効率化やペーパーレスを推進したい企業

特長

• 導入実績170,000社以上、契約継続率92％以上の安定性
• 物品登録が簡単で、在庫の「見える化」がすぐに実現
• スマ－トフォンやタブレットで現場から直接入力可能
• APIやIoTと連携し、将来的な拡張にも柔軟に対応

費用

• 初期費用：要お問い合わせ
• 月額料金：ミニマムプラン 3,980円／ライトプラン9,800円／Proプラン 49,800円
• トライアル：無料プランあり

公式サイト

https://www.zaico.co.jp/

EC・物流連携に強い在庫管理！　株式会社関通「クラウドトーマス」

株式会社関通が提供する「クラウドトーマス」は、EC・通販物流に特化したWMS（倉庫管理システム）で、多店舗展開や外部倉庫との連携を想定した高い拡張性が魅力です。業務効率化や人為ミス削減を実現しながら、SaaS形式で柔軟に利用できます。

項目	内容
対応内容	入出荷管理、在庫管理、マスタ管理、システム設定
対応機能・特長	バーコード自動設定、分析帳票出力、リアルタイム在庫、アカウント管理　など
連携	外部倉庫・物流倉庫システムとのAPI連携、CSV連携、物流ロボット連携
こんな企業におすすめ	・EC・通販・物流の業務改善をしたい企業 ・複数チャネル運用企業

特長

• BtoB対応のマルチチャネル管理が可能
• SaaSでスモールスタート、業務に合わせてカスタマイズ可能
• 分析帳票機能やリアルタイム在庫把握で、データとして可視化できる

費用

• 初期費用：導入支援費用 200,000円（税抜）
• 月額料金：90,000円～（税抜）
• トライアル：要お問い合わせ

公式サイト

https://xn--gckr5a9ce1k1c3h.jp/

多機能一元管理で業務を効率化！　株式会社ネットショップ支援室「アシスト店長」

株式会社ネットショップ支援室が提供する「アシスト店長」は、受注・顧客・在庫・分析までを一括管理できるEC向けのシステムです。メール自動配信や分析機能に加え、複数モール対応や外部物流連携なども搭載しています。

項目	内容
対応内容	受注管理、顧客管理、在庫管理、分析、メール配信　など
対応機能・特長	自動メール送信、CSV一括処理、モール横断分析、在庫同期　など
連携	モール・倉庫・POSなど幅広い連携が可能
こんな企業におすすめ	複数モール運営、売上分析、カスタマイズ性を求めるEC事業者向け

特長

• 受注から発送までの業務を自動化し、業務を効率化できる
• 顧客分析やLTV管理機能でリピーター獲得につながる
• 多様な物流システムと柔軟に連携可能

費用

• 初期費用：共用サーバープラン 50,000円／専用サーバープラン 200,000円
• 月額料金：共用サーバープラン 25,000円／専用サーバープラン 100,000円
• トライアル：要お問い合わせ

公式サイト

https://assist-tencho.com/

無料プランから始められる在庫連携！　株式会社GoQSystem「GoQSystem」

株式会社GoQSystemが提供する「GoQSystem」は、初期費用0円から始められる在庫・受注・物流一体型のクラウド管理システムです。トライアル導入も可能で、月間受注数が増えても月額費用は変わりません。

項目	内容
対応内容	受注管理、在庫連携、商品管理、物流管理、売上管理
対応機能・特長	CSV出力、API連携、複数モール対応、ステータス自動振分け　など
連携	各種ECモール、物流倉庫、自社倉庫とのAPI・CSV連携
こんな企業におすすめ	多店舗運用や在庫管理に加え業務全体を一元管理したい事業者向け

特長

• 受注件数が増えても月額料金は固定、予算を組みやすい
• トライアルや操作説明サポートがあり、導入しやすい
• 外部倉庫や自社物流とも連携しやすい

費用

• 初期費用：フリープラン 0円／有料プラン 30,000～100,000円（有料プラン）
• 月額料金：フリープラン 0円／有料プラン 15,000～64,800円
• トライアル：実施あり

公式サイト

https://goqsystem.com/

導入企業は1,500社超、年間出荷実績は4,000万件以上！　株式会社コマースロボティクス「コマースロボ」

株式会社コマースロボティクスが提供する「コマースロボ」は、受注から出荷までを一気通貫で自動化するEC・物流特化型の在庫管理システムです。導入企業は1,500社超、年間出荷実績は4,000万件以上を誇り、複数チャネルをまたいだスムーズな業務連携ができます。

項目	内容
対応内容	受注管理、出荷管理、在庫連携、分析
対応機能・特長	自動出荷、ステータス管理、API連携、レポート出力　など
連携	ECモール、WMS、基幹システムなどとのAPI・CSV連携
こんな企業におすすめ	EC複数店舗・チャネルでの一元化や自動化によって工数削減を目指す企業

特長

• 自動化率95%以上で業務負担を大幅に軽減（※）
• 年間出荷件数4,000万件超の実績
• API連携で他システム間の統合も柔軟に対応

※参考：マースロボ.「EC事業者向け – ネットショップ運営で受注自動化はコマースロボ」.https://www.commerce-robo.com/ ,（参考 2025-05-21）.

費用

• 初期費用：0円
• 月額料金：自動出荷プラン 10,000円＋従量課金／SCMプラン 30,000円＋従量課金
• トライアル：要お問い合わせ

公式サイト

https://www.commerce-robo.com/

実在庫主義で現場と経営をつなぐ！　株式会社インフュージョン「在庫スイートクラウド」

株式会社インフュージョンが提供する「在庫スイートクラウド」は、SaaS型の在庫管理ソリューションで、現品ベースのリアルタイム在庫管理を強みとしています。棚卸しや出荷作業などもモバイル端末に反映され、拠点をまたいだ在庫の共有・管理が可能です。

項目	内容
対応内容	棚卸管理、在庫管理、出荷管理、複数倉庫対応
対応機能・特長	スマホ・ハンディ連携、リアルタイム管理、履歴検索、集計・分析機能　など
連携	POSレジとのAPI連携、EC用受注用ソフト連携、配送会社ソフト連携
こんな企業におすすめ	多拠点でリアルタイムな在庫把握と棚卸効率化を求める企業

特長

• 現品単位での実在庫をリアルタイムで管理
• スマートフォンやハンディターミナル対応で現場に強い
• クラウド型でスモールスタートが可能

費用

• 初期費用：棚卸プラン 150,000円／Lite・Proプラン 300,000円（税抜）
• 月額料金：29,000～40,000円（税抜）
• トライアル：実施あり

公式サイト

https://infusion.co.jp/zsc/

物流連携に強いクラウドWMS！　株式会社はぴロジ「はぴロジ」

株式会社はぴロジが提供する「はぴロジ」は、EC物流を中心に多くの企業で導入されているクラウド型WMS（倉庫管理システム）です。倉庫とのスムーズな連携に加え、受注管理・出荷作業・在庫管理を一括で支援します。

項目	内容
対応内容	受注管理、在庫管理、倉庫連携、出荷管理、EC物流サポート　など
対応機能・特長	倉庫マッチング、自動出荷、API連携、コスト分析　など
連携	約200拠点の連携倉庫、ECモール、カート、物流サービスとの連携
こんな企業におすすめ	倉庫との柔軟な連携を重視する企業

特長

• 導入実績は2,000社超、累計出荷数は1.5億件超の実績あり性
• 倉庫最適化を支援するマッチング機能を搭載
• 荷主と倉庫のシームレスな連携を実現

費用

• 初期費用：要お問い合わせ
• 月額料金：10,000円～（受注数100件まで）＋従量課金
• トライアル：要お問い合わせ

公式サイト

https://www.hapilogi.co.jp/

中小企業向けの在庫管理システム！　株式会社BSLシステム研究所「在庫らくだプロ25」

株式会社BSLシステム研究所が提供する「在庫らくだプロ25」は、入出庫・棚卸・在庫一覧など、在庫管理に必要な基本機能が搭載されているシステムです。初めて在庫管理システムを導入する企業にも適しており、パソコンの操作に不慣れな方でも使いやすいのが特長です。

項目	内容
対応内容	在庫管理、入出庫管理、棚卸管理、ロット別管理、複数倉庫対応　など
対応機能・特長	操作が簡単、軽快動作、即日運用可能、Windows対応
連携	単独パッケージ（クラウド連携なし）
こんな企業におすすめ	中小企業や個人事業者シンプルで分かりやすい在庫管理を導入したい企業

特長

• シンプルで分かりやすいインターフェース
• 複数倉庫やロット管理にも対応
• 低コストで導入しやすい

費用

• 初期費用：要お問い合わせ
• 月額料金：パッケージ価格 29,700円（税込）
• トライアル：要お問い合わせ

公式サイト

https://www.bsl-jp.com/products/zaiko/

EC物流に最適化されたクラウド型システム！　ロジザード株式会社「ロジザードZERO」

ロジザード株式会社が提供する「ロジザードZERO」は、EC・通販物流に特化したクラウド型の在庫管理システムです。複数倉庫・複数ブランドの一元管理に対応しており、物流現場での運用効率を大幅に改善できます。セキュリティ面や導入支援体制も充実しており、幅広い業種・業態で採用されています。

項目	内容
対応内容	倉庫管理、在庫・状況照会、出荷管理、同梱物管理機能、店舗管理オプション　など
対応機能・特長	ハンディ端末連携、トレーサビリティ、リアルタイム在庫、棚卸支援
連携	複数倉庫・物流パートナーとAPI・自動連携、マテハン連携、ロボット連携　など
こんな企業におすすめ	EC物流や通販事業を複数倉庫で展開している企業

特長

• 複数倉庫・複数ブランドの一元管理が可能
• ハンディ端末と連携し、入出荷・棚卸業務を効率化
• トレーサビリティ対応で誤出荷・紛失リスクを低減

費用

• 初期費用：要お問い合わせ
• 月額料金：要お問い合わせ
• トライアル：要お問い合わせ

公式サイト

https://www.logizard-zero.com/

柔軟なカスタマイズ性が魅力！　株式会社ブライセン「COOOLa」

株式会社ブライセンが提供する「COOOLa」は、柔軟なカスタマイズ性を備えたクラウド型の管理システムで、企業の業務フローに合わせた在庫・入出荷に関する管理ができます。中小企業から大企業まで、業種・業態に応じた導入設計が可能です。

項目	内容
対応内容	在庫管理、入出荷管理、加工登録・照会、請求、棚卸　など
対応機能・特長	カスタマイズ設計、帳票出力、多言語対応、分析機能　など
連携	ECカートシステム、EC基幹システム、物流連携　など
こんな企業におすすめ	自社業務フローに合わせて柔軟にカスタマイズしたい企業

特長

• 高いカスタマイズ性で独自業務にも対応可能
• 中小企業〜大企業まで対応できるスケーラビリティ
• クラウド型でマルチデバイスに対応し業務を効率化

費用

• 初期費用：要お問い合わせ
• 月額料金：要お問い合わせ
• トライアル：要お問い合わせ

公式サイト

https://cooola.jp/

多部署での情報共有にぴったり！　ウェルコムデザイン株式会社「WelThings」

ウェルコムデザイン株式会社が提供する「WelThings（ウェルシングス）」は、複数部署での在庫・入出庫情報のリアルタイム共有を可能にするクラウド型在庫管理システムです。ハンディターミナルやモバイル端末との連携にも対応しています。

項目	内容
対応内容	在庫管理、入出庫管理、棚卸、ロケーション管理、原価管理　など
対応機能・特長	ハンディターミナル連携、リアルタイム照会、モバイルアプリ活用
連携	他システムとのCSV出力・読込が可能
こんな企業におすすめ	現場とオフィスで在庫情報を同時に把握したい企業

特長

• ハンディターミナルとリアルタイム連携が可能
• 部署間の在庫情報共有がスムーズ
• 軽快でシンプルなUIにより導入しやすい

費用

• 初期費用：要お問い合わせ
• 月額料金：要お問い合わせ
• トライアル：実施あり

公式サイト

https://www.e-welcom.com/products/s/welthings/

現場作業に強いクラウド型の在庫管理システム！　株式会社ロジクラ「ロジクラ」

株式会社ロジクラが提供する「ロジクラ」は、EC事業者や物流業務を抱える企業に適した在庫・出荷管理ツールです。スマートフォンやハンディターミナルでの操作に対応し、リアルタイムな在庫把握と業務の効率化をサポートします。

項目	内容
対応内容	在庫管理、入出荷管理、バーコード読取、棚卸
対応機能・特長	モバイルアプリ対応、ハンディ連携、バーコード検品、追跡番号記録、ギフト対応　など
連携	ネクストエンジン連携、Shopify連携、CROSSMALL連携、STORES連携
こんな企業におすすめ	スマホやハンディでの在庫管理を現場で行いたい企業

特長

• スマートフォンやバーコードリーダーでスムーズな在庫管理
• モバイル端末での棚卸や入出荷作業に適している
• クラウド型で在庫情報をリアルタイムに一元化

費用

• 初期費用：要お問い合わせ
• 月額料金：Liteプラン 12,800円～／Premiumプラン 40,000円～／Enterpriseプラン 要お問い合わせ
• トライアル：実施あり

公式サイト

https://logikura.jp/

業種別テンプレートあり！　株式会社アイル「Aladdin Office」

株式会社アイルが提供する「Aladdin Office（アラジンオフィス）」は、販売・在庫・生産など業務全体を一元管理できるERPパッケージです。業種別のテンプレートが豊富に用意されており、導入スピードの速さと業務に合わせた柔軟なカスタマイズを行えます。

項目	内容
対応内容	販売管理、在庫管理、生産管理、貿易管理、購買管理　など
対応機能・特長	業種別テンプレート、カスタマイズ対応、リアルタイム在庫、伝票発行　など
連携	会計ソフト、EDI、ECサイト、物流・外部倉庫システムなど多数のシステムと柔軟に連携
こんな企業におすすめ	販売〜生産までの業務全体を効率化したい製造業・卸売業の企業

特長

• 業種別テンプレートで短期導入が可能
• 販売・在庫・生産を一元管理できる
• 柔軟なカスタマイズと外部システム連携に対応

費用

• 初期費用：要お問い合わせ
• 月額料金：要お問い合わせ
• トライアル：要お問い合わせ

公式サイト

https://aladdin-office.com/

シンプルなUI×多機能在庫管理システム！　GEN株式会社「GEN」

GEN株式会社が提供する「GEN」は、直感的に操作できるシンプルなUIと、豊富な機能を備えたクラウド在庫管理システムです。小規模事業者からスタートアップまで幅広く活用でき、段階的に拡張できます。

項目	内容
対応内容	在庫管理、入出庫管理、棚卸、配送・出荷指示、請求・入金管理　など
対応機能・特長	QRコード・バーコード対応、シンプルなUI、リアルタイム管理、帳票管理、Win・Mac両OSで利用可能
連携	Shopify連携、TERMINAL連携、会計ソフト連携、EDI連携　など
こんな企業におすすめ	在庫管理を初めて導入する中小企業やスタートアップ企業

特長

• シンプルな操作性で誰でも使いやすい
• 必要に応じて機能拡張が可能

費用

• 初期費用：要お問い合わせ
• 月額料金：要お問い合わせ
• トライアル：実施あり

公式サイト

https://gen-system.jp/

会計システムやIT資産管理システムとのデータ連携OK！　株式会社コンビベース「Convi.BASE」

株式会社コンビベースが提供する「Convi.BASE（コンビベース）」は、設備・備品・資産の管理から在庫管理まで、幅広く対応可能なクラウド型システムです。スマートフォンによる現場対応や、柔軟なデータ連携が可能です。

項目	内容
対応内容	在庫管理、棚卸管理、資産管理、台帳機能、ラベル発行　など
対応機能・特長	柔軟な台帳機能、スマホ対応、バーコード読取、ラベル印刷
連携	会計システムやIT資産管理システムとのデータ連携が可能
こんな企業におすすめ	備品や資産などの在庫・棚卸管理をシンプルに効率化したい企業

特長

• 台帳に特化した在庫・資産の一元管理が可能
• スマホでの現地確認や棚卸にも対応
• ラベル発行や分析機能も利用できる

費用

• 初期費用：資産棚卸スタートアプリ・数量管理スタートアプリ 0円／通常導入 約900,000円　
• 月額料金：資産棚卸スタートアプリ 55,000円～／数量管理スタートアプリ 65,000円～／通常導入 50,000円～
• トライアル：要お問い合わせ

公式サイト

https://convibase.jp/

在庫管理システムを導入する際の4つのステップ

在庫管理システムの導入に失敗しないためには、社内の課題の可視化からツールの選定、運用開始まで、いくつかのステップを踏むことが重要です。以下の4ステップを参考に、スムーズな導入を進めましょう。

導入ステップ		注意点
ステップ1	現場の課題を洗い出す	在庫管理に関する現場の課題（入力ミス、在庫過多、棚卸作業の負担など）を洗い出す
ステップ2	必要な機能を明確化する	ステップ1で出した課題を基に、在庫数のリアルタイム把握、バーコード管理、ロケーション別管理、入出庫の履歴管理など、自社に必要な機能を整理する
ステップ3	複数の在庫管理システムを比較・検討する	・料金や機能、サポート体制、拡張性などの観点から、複数の在庫管理システムを比較 ・気になったものがあれば、資料請求や問い合わせをして詳細を確認 ・自社の課題やニーズに合う在庫管理システムを選ぶ
ステップ4	実際に導入して社内展開する	・在庫管理システムを導入する ・実運用を視野に入れて社内説明や、マニュアル整備、教育を行い、本格運用に備えた体制を整える

自社の課題やニーズに合った在庫管理システムを選ぼう

在庫管理システムの導入は、業務の効率化だけでなく、ヒューマンエラーの削減や経営判断の迅速化にもつながります。システムごとに機能や料金体系に違いがあるため、業種や現場の課題、管理に応じて適したものを選びましょう。本記事を読んで気になった在庫管理システムがあれば、少なくとも3つ選んで資料請求や問い合わせを行ってみてください。

SFAは活用されてこそ意味がある