【2025年度最新】福利厚生に使える補助金・助成金ガイド｜申請ポイントと税制優遇も解説

はじめに

従業員エンゲージメントの向上、人材の採用・定着、そして生産性の向上。これらの経営課題を解決する一手として、福利厚生の重要性はますます高まっています。しかし、その一方で「福利厚生を充実させたいが、コストがネックになっている」「何か活用できる国の支援制度はないだろうか」とお考えの決裁者様や管理部責任者様も多いのではないでしょうか。

「福利厚生 補助金」と検索すると様々な情報が見つかりますが、自社で本当に使える制度はどれなのか、その条件は何なのかを正確に把握するのは容易ではありません。

そこでこの記事では、2025年度の最新情報に基づき、企業の福利厚生導入・拡充に「活用できる」国の補助金・助成金制度を、企業の目的別に厳選してご紹介します。さらに、直接的な補助金ではないものの、福利厚生費の増加が節税に繋がる「賃上げ促進税制」についても詳しく解説します。

この記事を最後までお読みいただくことで、コストを抑えながら戦略的に福利厚生を強化するための具体的な選択肢と、申請に向けた正しい知識を得ることができます。

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1.【大前提】福利厚生に補助金・助成金を活用する上での基本知識

補助金・助成金の具体的な解説に入る前に、まず非常に重要な大前提を理解しておく必要があります。それは、「福利厚生の導入そのもの」を直接的な目的とした補助金・助成金は、国が提供するものとしては、ほぼ存在しないということです。

では、なぜ「福利厚生に使える補助金」という情報が存在するのでしょうか。それは、国が推進する様々な政策目標、例えば「働き方改革の推進」「人材の確保・定着」「生産性の向上」などを達成した企業に対して支給される補助金・助成金において、その目標を達成するための取り組み（経費）の一部として、福利厚生に関連する費用が認められるケースがあるからです。

具体的には、以下のような考え方の転換が求められます。

• NGな考え方：「食事補助サービスを導入したいから、補助金を探そう」
• OKな考え方：「従業員の離職率改善（人材定着）という経営課題を解決するため、食事補助サービスを導入する。この取り組みに対して『人材確保等支援助成金』が使えないか検討しよう」

このように、まず自社の経営課題が何であるかを定義し、その解決策として福利厚生を位置づけ、その上で、自社の課題解決の目的に合致した補助金・助成金を探す、という順序で考えることが成功の鍵です。

また、言葉の定義として、「補助金」は主に経済産業省が管轄し、公募期間内に申請・採択される必要があり、予算上限に達すると締め切られる競争的な資金です。一方、「助成金」は主に厚生労働省が管轄し、一定の要件を満たせば原則として受給できる非競争的な資金を指すことが多いです。本記事では、これらをまとめて「支援制度」として解説していきます。

2.【目的別】福利厚生に活用できる主要な補助金・助成金

ここでは、企業の代表的な経営課題を4つの目的に分類し、それぞれの解決策として福利厚生を導入する際に活用できる可能性のある、国の主要な助成金制度を解説します。 ※各助成金の支給要件や金額、対象経費は年度によって改正されるため、申請を検討する際は必ず厚生労働省の公式サイトで最新の公募要領をご確認ください。

1. 働き方改革・労働時間改善が目的なら：働き方改革推進支援助成金

企業が働きやすい職場環境を整えるためには、制度や仕組みの改善に加え、公的な支援制度を上手に活用することが重要です。特に「働き方改革」や「労働時間の適正化」など、具体的な課題に取り組む際には、それぞれの目的に合った助成金を活用することで、取り組みの実効性が高まり、費用負担の軽減にもつながります。

• 目的：中小企業における労働時間の設定改善（時間外労働の削減、年次有給休暇の取得促進など）や、ワークライフバランスの推進を支援します。
• 主な要件：労働時間や休暇に関する目標（例：「全社で月間の時間外労働時間を削減する」「リフレッシュ休暇制度を新たに導入する」）を設定し、達成することなどが求められます。
• 対象となる福利厚生関連経費の例：直接的ではありませんが、例えば勤怠管理システム導入で業務を効率化し、生まれた原資で特別休暇制度を整備する、といったストーリーで活用が考えられます。人材確保や労務管理用ソフトウェアの導入費用も対象に含まれる場合があります。
• 支給額：成果目標の達成状況に応じ、取り組みの実施に要した経費の一部が支給されます。コースによって上限額は異なりますが、数十万円から数百万円規模の支援が期待できます。

2. 人材確保・定着が目的なら：人材確保等支援助成金

人材の採用と定着は、多くの企業が抱える共通の課題です。特に中小企業にとっては、優秀な人材を確保し、長く働いてもらうための環境整備が重要となります。こうした取り組みを後押ししてくれるのが、「人材確保等支援助成金」です。

• 目的：魅力的な雇用環境を整備することで、人材の確保・定着を図る事業主を支援します。福利厚生と関連が深いのは「雇用管理制度助成コース」などです。
• 主な要件：評価・処遇制度、研修制度、健康づくり制度、メンター制度などを新たに導入し、それによって離職率の低下目標を達成することなどが求められます。
• 対象となる福利厚生関連経費の例：健康づくり制度の導入（フィットネスクラブ法人契約、人間ドック補助など）、研修制度の導入（eラーニングシステム、資格取得支援など）、専門家へのコンサルティング費用などが該当します。
• 支給額：制度導入にかかった経費や生産性向上の状況、離職率の目標達成度に応じて、数十万円単位で支給されます。

3. 非正規雇用の処遇改善が目的なら：キャリアアップ助成金

非正規雇用の従業員が安心して働き続けられる職場づくりは、組織全体の安定と信頼性の向上につながります。正社員への転換や処遇改善を進めることで、働く意欲の向上や定着率の改善も期待できます。こうした取り組みを支援するのが「キャリアアップ助成金」です。

• 目的：パートタイマーや契約社員といった非正規雇用労働者の企業内でのキャリアアップを促進するため、正社員化や処遇改善の取り組みを実施した事業主を支援します。
• 主な要件：「正社員化コース」や「賞与・退職金制度導入コース」など複数のコースがあります。
• 対象となる福利厚生関連経費の例：「諸手当制度等共通化コース」では、非正規雇用労働者に対して正社員と共通の諸手当（福利厚生）制度を新たに設けることが要件に含まれます。例えば、正社員にしかなかった住宅手当や食事補助を非正規社員にも適用拡大する、といったケースが該当します。
• 支給額：コースや対象となる労働者数に応じて、1事業所あたり数十万円から数百万円単位で支給されます。

4. 生産性向上と賃上げが目的なら：業務改善助成金

人手不足が深刻化する中、生産性の向上と従業員の処遇改善は企業にとって重要な経営課題となっています。効率的な業務体制の構築と賃上げの両立を目指す企業には、「業務改善助成金」の活用が効果的です。設備投資や業務フローの見直しによる生産性向上と、それに伴う賃金アップを支援するこの助成金について、概要をご紹介します。

• 目的：中小企業・小規模事業者の生産性向上を支援し、事業場内最低賃金の引き上げを図るための制度です。
• 主な要件：事業場内最低賃金を一定額以上引き上げ、その上で生産性向上に資する設備投資などを行うことが求められます。
• 対象となる福利厚生関連経費の例：主目的は設備投資ですが、賃上げの原資を生み出すための業務効率化の一環として、勤怠管理と連携した福利厚生申請システムを導入する、といった文脈で活用できる可能性があります。
• 支給額：設備投資などにかかった費用の一部と、引き上げた賃金額や労働者数に応じて、上限額（最大600万円など）の範囲で支給されます。

3.【税制優遇】補助金ではないが最も重要な「賃上げ促進税制」と福利厚生

直接的な補助金・助成金ではありませんが、福利厚生の拡充を検討する上で、決裁者・管理部責任者として絶対に知っておくべきなのが「賃上げ促進税制」です。これは、従業員の給与を増やした企業に対して、その増加額の一部を法人税（または所得税）から直接控除できる、極めて強力な税制優遇措置です。

この制度の最大のポイントは、税額控除の計算の基礎となる「給여等支給額」に、福利厚生費の一部が含まれるという点です。

賃上げ促進税制と福利厚生の関係

• 給与等支給額とは？：基本給や賞与といった金銭での給付だけでなく、食事補助や社宅の貸与など、いわゆる「現物給与」として扱われるものの一部も含まれます。
• 福利厚生費も対象に：国税庁の見解では、所得税法上非課税とされる通勤手当や、一定の要件を満たした食事補助なども、この「給与等支給額」に含めて良いとされています。
• 税額控除の仕組み：前年度と比較して、この「給与等支給額」の総額が増加すれば、その増加額の一定割合（中小企業で最大45%など）が、納めるべき法人税から直接差し引かれます（税額控除）。

制度活用のポイント つまり、新たに食事補助制度を導入したり、既存の福利厚生を手厚くしたりすることで「給与等支給額」が増加すれば、それが賃上げと見なされ、結果として大きな節税効果を生む可能性があるのです。

例えば、これまで食事補助がなかった企業が、非課税の範囲内で1人あたり月額3,500円の食事補助を開始したとします。従業員が100人いれば、年間で3,500円 × 12ヶ月 × 100人 = 420万円の「給与等支給額」が増加したことになり、これが税額控除の計算ベースに加わります。

これは、国からの直接的な補助金以上に、企業のキャッシュフローに良い影響を与える可能性があります。福利厚生の導入を検討する際は、この賃上げ促進税制の活用もセットでシミュレーションし、税理士などの専門家と相談することをお勧めします。

4. 忘れずにチェック！地方自治体独自の福利厚生関連支援制度

これまで国の制度を中心に解説してきましたが、企業の支援策は国だけが提供しているわけではありません。都道府県や市区町村といった地方自治体も、地域経済の活性化や定住促進を目的として、独自の補助金・助成金制度を実施している場合があります。

これらの制度は、国の制度ほど大規模ではありませんが、より地域の実情に即しており、場合によっては国の制度よりも使いやすいケースもあります。

地方自治体が提供する支援制度の例

国の助成金制度に加え、各地方自治体でも地域の実情に応じた多様な支援制度が用意されています。特に中小企業や医療・福祉施設などにとっては、自治体独自の補助金や奨励金を活用することで、採用活動や職場環境整備の取り組みをより柔軟かつ効果的に進めることが可能です。

• 健康経営推進に関する支援：「健康経営」に取り組む企業を認定・表彰し、奨励金を支給したり、専門家派遣の費用を補助したりする制度。健康診断のオプション費用補助や、ストレスチェックの実施などが対象経費となることがあります。
• ワークライフバランス推進に関する支援：育児・介護休業の取得促進や、テレワーク導入、短時間勤務制度の整備など、働きやすい環境づくりに取り組む企業に対して補助金を支給する制度。福利厚生施設の整備費用などが対象となる場合があります。
• 人材確保・Uターン/Iターン促進に関する支援：地域内での雇用創出や、都市部からの移住者採用に積極的な企業に対し、採用費用や住宅支援の費用を補助する制度。社宅の借り上げ費用などが対象となることがあります。

自社の地域で使える制度の調べ方 

これらの情報は、各自治体のウェブサイトで公開されています。

• 「（都道府県名 or 市区町村名） 中小企業 助成金」
• 「（都道府県名 or 市区町村名） 健康経営 補助金」
• 「（都道府県名 or 市区町村名） ワークライフバランス 支援」

といったキーワードで検索してみてください。また、地域の商工会議所や中小企業支援センターなども、有益な情報を提供してくれる相談窓口となります。国の制度と合わせて、自社が拠点とする自治体の支援策も忘れずにチェックしましょう。

5. 補助金申請の実務フローと成功のポイント

活用できれば非常にメリットの大きい補助金・助成金ですが、申請にはいくつかの共通したルールと注意点が存在します。これらを知らずに進めると、本来受けられるはずだった支援を受けられない、という事態に陥りかねません。

1.【最重要】必ず「計画の実施前」に申請する 

これは、ほとんど全ての補助金・助成金に共通する鉄則です。多くの制度では、取り組みを開始した後（例：福利厚生サービスを契約した後、設備を発注した後）での申請は一切認められません。必ず、計画段階で公募要領を熟読し、指定された手順に沿って「計画認定申請」や「交付申請」を事前に行う必要があります。「後から申請すれば良い」という考えは絶対に禁物です。

2. 公募期間と予算上限を死守する 

特に「補助金」は、1年を通じていつでも申請できるわけではなく、「〇月〇日～〇月〇日」といった公募期間が定められています。また、国の予算に上限があるため、期間内であっても予算がなくなり次第、受付が終了してしまうことが多々あります。活用したい制度が見つかったら、まずは公募スケジュールと締切を真っ先に確認し、余裕を持ったスケジュールを立てましょう。

3. 計画の具体性とストーリーの重要性 

申請には、事業計画書や経費明細書など、多くの書類提出が求められます。特に、計画書では「なぜこの取り組みが必要なのか（自社の課題）」「導入によってどのような効果が見込まれるのか（数値目標含む）」「なぜその経費が必要なのか」といった点を、具体的に、かつ説得力を持って記述する必要があります。審査では、この計画の妥当性や具体性が厳しく評価されます。

4. 専門家（社会保険労務士など）への相談を検討する 

ここまで見てきたように、補助金・助成金の制度は非常に複雑で、提出書類の作成にも専門的な知識が必要です。特に、厚生労働省系の助成金は、就業規則の改訂など、労務管理と密接に関連する要件が含まれることが多くあります。 申請手続きに不安がある場合や、どの制度が自社に最適か分からない場合は、社会保険労務士（社労士）などの専門家に相談することを強くお勧めします。相談料や成功報酬はかかりますが、自社で全てを行う時間と労力、そして申請が不採択になるリスクを考えれば、結果的にコストパフォーマンスが高い選択となるケースも少なくありません。

まとめ

本記事では、企業の福利厚生導入・拡充に活用できる国の支援制度について、決裁者・管理部責任者様が知るべき知識を網羅的に解説しました。

重要なのは、「福利厚生の導入」そのものを目的とするのではなく、「自社の経営課題は何か」を起点に考えることです。それが「働き方改革」なのか、「人材定着」なのか、「生産性向上」なのか。まずその目的を明確にし、その解決策として福利厚生を位置づけることで、初めて活用できる補助金・助成金の姿が見えてきます。

本記事でご紹介した4つの助成金や、節税効果の大きい「賃上げ促進税制」は、そのための強力な選択肢となり得ます。

• 働き方改革推進支援助成金
• 人材確保等支援助成金
• キャリアアップ助成金
• 業務改善助成金
• 賃上げ促進税制

これらの制度は、年度ごとに要件や内容が更新されるため、常に最新情報を公式サイトで確認し、必要であれば社労士などの専門家の力を借りることが、成功への近道です。

福利厚生は、もはや単なるコストではありません。国の支援制度を賢く活用し、戦略的に導入・拡充することで、従業員満足度を高め、企業の持続的成長を加速させるための「未来への投資」とすることができるのです。本記事が、その第一歩を踏み出すための一助となれば幸いです。