M&Aの会社売却にかかる税金を解説！　税金の基礎知識から節税対策まで紹介

一般的に、M&Aの会社売却では高額な税金がかかります。なお税額や計算方法は、個人と法人の違いだけでなく、選択した譲渡方法によっても大きく異なります。そのため、最適な方法を選択するには、各ケースに応じた慎重な検討が必要です。

会社売却に伴う税金を理解し、適切に制度を活用すれば、節税効果が期待できます。そのためには、まずはM&Aにかかる税金の基本的な知識をしっかり押さえることが重要です。

本記事では、M&Aにかかる税金に関する知識を会社売却の方法別で解説します。会社売却を検討している方は参考にしてください。

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M&Aの会社売却には3種類の方法がある

M&Aの会社売却には、大きく分けて以下3種類の方法があります。

• 株式譲渡
• 事業譲渡
• 組織再編

株式譲渡は、会社を保有する個人または法人がその株式を売却することです。自己資金で設立された会社の場合、経営者が会社の株式を全て保有しています。そのため、保有する株式を全て譲渡して経営権を手放せば、会社売却が可能です。

事業譲渡では、会社が持つ事業の一部または全てを他社に売却します。譲渡対象には設備や人材、技術も含まれている点が特徴です。事業のみを売却するので、会社の経営権は譲渡側に残ります。

組織再編は、合併や会社分割によって組織の体制を見直す会社売却の方法です。一般的に、事業の拡大・縮小や企業管理の効率化を目的として行われます。

M&Aの会社売却では選択した方法によって、発生する税金の種類が異なります。どのような税金がかかるのかを把握した上で、自社にとって適切な会社売却の方法を選択するかが重要です。

税金の種類や計算方法は個人と法人で異なる

個人と法人では、税金が課せられる所得や税金の計算方法が異なります。M&Aの会社売却にかかる税金の基礎知識を把握しておきましょう。

• 個人の所得と発生する税金
• 法人の所得と発生する税金

それぞれ解説します。

個人の所得と発生する税金

個人の所得は性質によって以下の10種類に分けられています（※）。

• 利子所得
• 配当所得
• 不動産所得
• 事業所得
• 給与所得
• 退職所得
• 山林所得
• 譲渡所得
• 一時所得
• 雑所得

それぞれの所得には収入や経費の範囲、計算方法が決められています。

個人の所得税は、総所得金額に対して税額を計算して収める総合課税が原則です。ただし、一部の所得に関しては他の所得金額から分離して計算し、確定申告によって税金を納める分離課税となります（※）。

また、個人のM&Aにかかる税金は所得税と住民税です（※）。

※参考：国税庁「所得税のしくみ」.“所得金額の計算について”.https://www.nta.go.jp/publication/pamph/koho/kurashi/html/01_1.htm ,（参照2024-06-28）

※参考：国税庁「No.2240　申告分離課税制度」.“概要”.https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2240.htm ,（参照2024-06-28）

※参考：国税庁「No.1463 株式等を譲渡したときの課税(申告分離課税)」.“税率”.https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1463.htm ,（参照2024-06-28）

法人の所得と発生する税金

個人とは異なり、法人では所得の種類が細かく分類されていないのが特徴です。法人にかかる基本的な税金には以下の5種類があります。

• 法人税
• 法人住民税
• 法人事業税
• 特別法人事業税
• 消費税

法人税は、法人の企業活動で得られた所得に対して課税されます。法人の所得額は、益金から損金を差し引いた金額です。さらに所得額に税率を掛け、税額控除額を引くことで法人税額が計算できます（※）。

※参考：財務省「法人課税に関する基本的な資料」.“法人税の課税べース”.https://www.mof.go.jp/tax_policy/summary/corporation/c01.htm ,（参照2024-06-28）

M&Aの株式譲渡にかかる税金

株式譲渡では譲渡側が個人であるケースがほとんどです。ただし、法人が子会社の株式を譲渡して経営権を手放すケースもあります。

M&Aの株式譲渡による会社売却では、個人と法人でかかる税金が異なるのでしっかり把握しましょう。

• 個人の株式譲渡にかかる税金
• 法人の株式譲渡にかかる税金

上記それぞれのケースについて解説します。

個人の株式譲渡にかかる税金

個人が株式譲渡による会社売却で利益を出した場合、譲渡所得を得たことになります。個人が株式譲渡を行った場合の税率は20.315％です。なお、20.315％には所得税1および復興特別所得税15.315％と、住民税5％が含まれています（※）。

個人の株式譲渡で必要な税金の計算式は以下のとおりです。

• 譲渡所得＝譲渡価格－必要経費
• 税額＝譲渡所得の金額×20.315％

株式を1億円で売却し、必要経費が1,000万円の場合、譲渡所得は9,000万円になります。譲渡所得の金額9,000万円に税率20.315％を掛けて、税額は1,828万3,500円です。

なお、個人の譲渡所得税は累進課税ではなく、分離課税方式であり、一律の税率が課税されます。そのため、所得額が大きくなっても税率が高くなることはありません。

また株式の取得費が明確ではない場合などは、譲渡所得の5％を取得費として計上することが認められています（※）。

※参考：国税庁「株式・配当・利子と税」.“株式等（上記の特定公社債以外の公社債などを除きます。）の利子等・配当等に対する税金”.https://www.nta.go.jp/publication/pamph/koho/kurashi/html/04_5.htm ,（参照2024-06-28）

※参考：国税庁「No.1464 譲渡した株式等の取得費」.“取得費が分からない場合などの取扱い”.https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1464.htm ,（参照2024-06-28）

個人が相続財産を譲渡した場合は取得費加算の特例を適用できる

個人の場合は株式の譲渡所得を計上する際に、相続財産を譲渡した場合の取得費加算の特例を適用できます。

取得費加算の特例を適用すると、相続や遺贈によって取得した株式を譲渡した場合、相続税のうち一定金額を取得費に加算可能です。

特例の適用を受けるには以下の要件があります（※）（※）。

• 相続や遺贈により株式を取得した者である
• 株式を取得した人に相続税が課税されている
• 相続した日の翌日から相続税の申告期限の翌日以後3年以内に株式を譲渡している

相続税の申告期限は相続した日から10カ月以内のため、取得費の特例を適用できる期限は相続開始から3年10カ月以内です。

また、取得費加算の特例を適用するには、一定の書類を添えて確定申告をする必要があります。

※参照：国税庁「No.3267　相続財産を譲渡した場合の取得費の特例」

https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3267.htm ,（参照2024‐6‐19）

※参照：国税庁「No.4205　相続税の申告と納税」

https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/sozoku/4205.htm ,（参照2024‐6‐19）

法人の株式譲渡にかかる税金

法人が株式譲渡による会社売却で利益を出した場合、法人税や法人住民税、法人事業税が発生します。法人が株式譲渡を行った場合の税率は30〜40％前後です。法人税には実効税率が適用されるので、都道府県によって税率が異なります。税金の内訳は法人税、地方法人税、都道府県民税、事業税、地方法人特別税です。

法人の株式譲渡で必要な税金の計算式は以下のとおりです。

• 譲渡益の金額＝譲渡価格－必要経費
• 税額＝（譲渡益＋本業の利益）×実効税率

法人の所得には個人のように分類がなく、総所得金額に税率を掛ける総合課税方式が採用されています。

また、法人の実効税率は、以下の式で計算が可能です。

実効税率＝法人税率＋法人税率×（地方法人税率＋住民税率＋事業税率）／1＋事業税率

実効税率は都道府県や外形標準課税が適用できるかどうかでも異なります。具体的には、資本金が1億円以上の普通法人は外形標準課税が適用されるため、さらに税率が変動します。税率はおおむね30〜40%前後の範囲に収まりますが、法人によって異なるので注意してください。

法人は欠損金の繰越控除を利用できる

法人が上場株式を譲渡して損失が出た場合、確定申告によってその年分の利子所得や配当所得と損益通算できます。損益通算で控除しきれない損失も、翌年以降3年間にわたって繰越控除が可能です（※）。

一方、個人が非上場会社の株式を譲渡して損失が出た場合には、損失の繰越が認められていません。

また、欠損金の繰越控除は企業の規模や状態によって限度があります。資本金が1億円未満の中小企業であれば、限度がなく全額控除が可能です。以下に該当する企業は限度が設定されています（※）。

• 資本金1億円を超える企業
• 資本金5億円以上の法人に100％支配されている企業

法人税申告書で各期間にどれだけ控除できるかを確認しましょう。

※参考：国税庁「No.1474 上場株式等に係る譲渡損失の損益通算及び繰越控除」.“概要”.https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1474.htm ,（参照2024‐6‐19）

※参考「「繰越欠損金の控除上限」の特例 ガイドライン」.“第1章 対象・税制メリット 対象法人”.https://www.meti.go.jp/policy/economy/kyosoryoku_kyoka/kurikoshi.pdf ,（参照2024-06-28）

M&Aの事業譲渡にかかる税金

M&Aの事業譲渡で課税される税金は、個人と法人で異なります。課税される税金は株式譲渡と同じですが、税金の計算方法が違うため注意が必要です。

• 個人の事業譲渡に課される税金
• 法人の事業譲渡に課される税金
• 譲渡対象に不動産が含まれるケース

それぞれ解説します。

個人の事業譲渡に課される税金

個人の事業譲渡で課税される税金は以下の3種類です。

• 所得税
• 復興特別所得税
• 住民税

税金の種類は株式譲渡と同じです。しかし、所得税が譲渡所得の場合は、譲渡する資産によって分離課税と総合課税に分けられている点が異なります。

分離課税の対象	株式・土地・建物
総合課税の対象	株式・土地・建物を除く資産

分離課税の対象となる資産は、租税特別措置法で規定された税率で計算します。対して、総合課税の対象となる資産は、所得税法で規定された累進税率で計算するのが特徴です。

また、事業譲渡では基本的に消費税がかかります。しかし、土地・有価証券・債権を譲渡する場合の消費税は非課税です。

法人の事業譲渡に課される税金

法人の事業譲渡で課税される税金は以下の5種類です。

• 法人税
• 地方法人税
• 地方住民税
• 法人事業税
• 特別法人事業税

法人が事業譲渡によって会社売却した際には、得られた利益に対して法人税等が課税されます。法人税等の税率は実効税率であり30〜40％前後です。

利益の計算は以下の計算式で行われます。

譲渡利益＝譲渡価格－純資産

事業譲渡の利益がプラスの場合には、その値に実効税率を掛けて税額が計算されます。事業譲渡により損失が出た場合には、マイナス分の法人税が差し引かれます。

全部譲渡で事業を売却した際にかかる税金

事業譲渡の取引対象は会社の資産・負債です。そのため、事業譲渡の税金は法人に対してかかり、会社の株主には課税されません。株式譲渡と同様に、会社売却によって得た利益に税金がかかります。

法人の全部譲渡で必要な税金の計算式は以下のとおりです。

• 譲渡益の金額＝譲渡価格－（譲渡資産－譲渡負債）
• 税額＝（譲渡益＋本業の利益）×実効税率（30〜40%前後）

事業譲渡では、売却した資産と負債の差額がプラスの場合に法人税等が課税されます。

株式譲渡とは異なり、事業譲渡では売却した事業に対して消費税が課税されます。消費税は譲渡価格から、土地や有価証券など非課税取引の対象となる資産を除いた額に対して消費税額を掛けた金額です（※）。

事業譲渡における消費税は譲受側が負担し、譲渡代金を受け取った譲渡側が納めます。

※参考：国税庁「No.6209　非課税と不課税の違い」.https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shohi/6209.htm ,（参照2024‐6‐19）

譲渡対象に不動産が含まれるケース

事業譲渡の対象に不動産が含まれる場合、譲受側に不動産取得税や登録免許税がかかります。

不動産取得税とは、不動産（土地・家屋）を取得した際に都道府県が課税する税金です。不動産が土地または家屋（住宅）の場合の税率は3％、不動産が家屋（非住宅）の場合の税率は4％です。従って、不動産取得税は以下の計算式で求められます（※）。

不動産取得税額＝不動産の評価額×3％または4％

また、登録免許税は購入した土地や建物を登記・登録する際にかかります。例えば、土地の所有権の移転登記にかかる税を求める計算式は、以下のとおりです（※）。

登録免許税額＝不動産の価額×税率（20/1,000）

※令和8年3月31日までの間に登記を受ける場合は軽減税率が適用されるため、税率は15/1,000となる

※参考：東京都主税局「不動産取得税」.“２　不動産取得税の計算方法”.https://www.tax.metro.tokyo.lg.jp/shisan/fudosan.html ,（参照2024-06-28）

※参考：国税庁「No.7191　登録免許税の税額表」.https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/inshi/7191.htm ,（参照2024-06-28）

M&Aの組織再編にかかる税金

M&Aで組織再編が行われた際にも税金がかかる場合があります。組織再編では資産・負債も一緒に移転するからです。税務上では取引が時価で行われたとみなされ、譲渡損益が発生すると法人税等が課税されます。ただし、税制適格と認められるM&Aであれば、税金はかかりません。

• 100％支配関係にある会社と合併する場合
• 50％支配関係にある会社と合併する場合
• 共同事業を営むために合併する場合

組織再編による会社売却で税金がかかるか否かは、税制適格の適用次第です。

税制適格要件には組織再編する企業との関係によって3種類のパターンがあります。

• 100％支配関係にある会社と合併する場合
• 50％支配関係にある会社と合併する場合
• 共同事業を営むために合併する場合

組織再編における税制適格の適用はグループ内・外を問わず可能です。ただし、グループ外企業との組織再編では満たすべき要件の数が多くなります。

100％支配関係にある会社と合併する場合

100％支配関係にある会社と合併する場合の適格要件は2つです。

• 金銭等の支払いがない
• 100％の支配関係が継続している

例えば、株式交換によって100％子会社化する際に税制適格を適用するには、対価として株式等の金銭以外が必要です。また、株式交換の実施後は子会社の株式を保有し続けなければなりません。

50％支配関係にある会社と合併する場合

50％支配関係にある会社と合併する場合の適格要件は5つです。

• 金銭等の支払いがない
• 50％超の支配関係が継続している
• 主要な資産・負債を引き継いでいる
• おおむね80％の従業員を引き継いでいる
• 移転事業を継続している

適格合併となるには5つの要件を全て満たさなければなりません。そのため、合併後に事業内容が変化した場合には、事業が一度終了したとみなされ非適格となるリスクがあります。

共同事業を営むために合併する場合

共同事業を営むための合併、つまり支配関係がない会社と組織編成を行う際には、以下を満たす必要があります。

• 金銭等の支払いがない
• 主要な資産・負債を引き継いでいる
• おおむね80％の従業員を引き継いでいる
• 移転事業を継続している
• 移転事業に関係性がある
• 発行済株式数80％以上を継続保有している
• 事業規模がおおむね5倍以内または特定役員が継続して就任している

支配関係にある企業と合併する場合と比較して、満たすべき適格要件が多くなります。1つでも適格要件を満たしていないと非適格となり、課税されるので注意が必要です。

M&Aで株式や事業を売却した際にかかるその他の税金

M&Aの会社売却で発生する税金は所得税や住民税、法人税等だけではありません。株式や事業の売却益に課税される他には、印紙税がかかります。

印紙税とは、契約書や領収書を作成した際に課せられる税金のことです。株式譲渡契約書には印紙税がかかりませんが、事業譲渡契約書を作成すると印紙税がかかります。

契約書に記載された金額によって税額が異なるので確認しておきましょう。

記載金額	税額
1万円未満	非課税
1万円～10万円以下	200円
10万円～50万円以下	400円
50万円～100万円以下	1,000円
100万円～500万円以下	2,000円
500万円～1,000万円以下	1万円
1,000万円～5,000万円以下	2万円
5,000万円～1億円以下	6万円
1億円～5億円以下	10万円
5億円～10億円以下	20万円
10億円～50億円以下	40万円
50億円以上	60万円
契約金額の記載のないもの	200円

※出典：国税庁「No.7140 印紙税額の一覧表（その1）第1号文書から第4号文書まで」.“第1号文書から第4号文書までの印紙税額の一覧表”.https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/inshi/7140.htm ,（参照2024-06-28）

また、株式譲渡契約書は課税文書に当たりませんが、代金を受領した旨が記載されていると課税文書に当たる受取書として扱われます。この場合には200円の印紙税が必要です。

M&Aで株式や事業を売却する際の税金対策5選

M&Aの会社売却では、どの手法を選択しても税金がかかります。会社売却で得られた利益が大きいほど、税金も高額になるでしょう。税金の負担を可能な限り軽減するには、節税対策に取り組むことが重要です。

• 株式売却益の一部を役員退職金として扱う
• 第三者割当増資を利用して経営権のみを譲渡する
• 需要のある資産だけを売却する
• 会社分割を活用して不要な資産を移す
• 売却益を経費で相殺する

自社の状況に応じて税金対策を行いましょう。

株式売却益の一部を役員退職金として扱う

M&Aの会社売却と同時に経営者が引退する場合には、株式売却益の一部を役員退職金として受け取ることで、株式売却益と相殺できます。この節税対策では退職所得と譲渡所得の税率の差を利用しているのが特徴です。

譲渡所得の税率は20.315％であり、退職所得額は以下の式で計算できます。

退職所得額＝（退職金支給額－退職所得控除額）×1／2×税率－控除額

退職所得税は累進課税のため、5～45％で変動します。退職所得額が大きくなると税額も高額になる点には注意してください。

譲渡所得の税率と比較して、退職所得の税率が低くなるようにすれば節税につながります。

第三者割当増資を利用して経営権のみを譲渡する

第三者割当増資を利用して会社の経営権のみを譲渡すると、会社売却に伴う税金を発生させずに済みます。

第三者割当増資は、新株を発行して第三者に取得してもらう手法です。第三者が株式の過半数を持つことで、経営権のみを譲渡できます。利益が発生しておらず、譲渡側の株主に税金はかかりません。

ただし、第三者割当増資を利用すると第三者が経営に関わることになるため、良好な関係を築くことが重要です。

需要のある資産だけを売却する

M&Aで会社売却を行う場合、譲受側には不要な資産が譲渡されるケースあがります。譲渡する資産が多いと企業価値が高くなり、会社売却による利益も高くなるでしょう。

譲渡益にかかる税負担を軽減するには、需要のある資産だけを売却するのも効果的です。

例えば、不要な資産を別の会社に売却してから株式を譲渡する、買い手が求める資産のみを事業譲渡する方法であれば節税につながる可能性があります。

会社分割を活用して不要な資産を移す

会社分割を活用してM&Aに不要な資産を移せば、譲渡益にかかる税負担を軽減できます。

会社分割は現在の会社を残したまま、事業の一部をもうひとつの会社に継承させることです。グループ会社の組織再編で利用され、M&Aに不要な資産をグループ会社に移動させられます。

M&Aで不要な資産の例は以下のとおりです。

• 銀行預金
• 社宅の土地
• 経営者の車

会社分割を活用すれば譲渡側は税負担を軽減でき、譲受側は不要な資産を購入せずに済みます。

売却益を経費で相殺する

株式譲渡を行う時期と多額の経費を計上する時期を合わせることで、売却益を経費で相殺できます。

法人には個人のように所得の分類がなく、総所得額に対して課税されるのが原則です。そのため、株式の売却益を経費と相殺すれば、課税額を減らせます。

例えば、5,000万円の売却益が発生した事業年度内に、5,000万円の設備投資を行うことで、M&Aに伴う法人税額はゼロになります。

ただし、売却益を経費として使用するため、手元に残る現金が少なくなる点には注意が必要です。

M&Aによる資産の売却で節税する際に注意したい2つのポイント

M&Aの会社売却では大きな額が動くので、譲渡側にかかる税金も高額になります。そのため、税負担を軽減するには節税対策が欠かせません。

しかし、節税対策を行ったことで逆に税額が増加する場合があります。

• 事業譲渡の際に資産を移動させると税金が発生する
• 追徴課税されるリスクがある

税額を増やさないために、注意したいポイントを押さえましょう。

事業譲渡の際に資産を移動させると税金が発生する

節税対策で資産を移動させたことで、税金が発生する場合があります。

財産の移動で税金がかかるのは、譲渡対象に不動産があるケースです。事業譲渡では契約書の作成に印紙税がかかり、登録免許税や不動産取得税も発生します。移動する資産の額によっては、発生する税金も高額になるので注意してください。

M&Aの会社売却では売却益だけでなく、節税の面も考慮しなければなりません。利益を得つつ節税するにはどの方法がよいかを検討しましょう。

追徴課税されるリスクがある

会社売却の際に行った節税対策によって、追徴課税されるリスクがあるので注意してください。

実施した節税対策に誤りがあり税務調査で否認されると、将来的に追加徴税される可能性があります。また、税務調査により悪質性が高いとみなされた場合、重加算税の支払いを求められるかもしれません。

本来の額以上の追加徴税をされないためにも、節税対策を行う前に法的に問題がないかの確認が重要です。

M&Aによる資産の売却にかかる税金を申告すべきタイミング

M&Aの会社売却にかかる税金を申告するタイミングは、個人と法人で異なります。申告漏れがないように、申告時期を把握しておきましょう。

• 個人が税金を申告するタイミング
• 法人が税金を申告するタイミング

個人が税金を申告するタイミング

個人の譲渡所得にかかる税金を申告するタイミングは、毎年2月中旬から3月中旬に行われる確定申告の時期です。各年度の1月1日～12月31日の所得を翌年3月15日までに申告します。収支を細かく報告した上で、正確な税額を計算し納税しなければなりません（※）。

会社売却では買い手を探し契約を締結するまでに、半年～1年程かかるのが一般的です。そのため、多くの場合で税金を申告するタイミングは翌年に持ち越されます。

※参考：国税庁「No.2020 確定申告」.“概要”“申告等の期限”.https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2020.htm ,（参照2024-06-28）

法人が税金を申告するタイミング

法人が譲渡所得にかかる税金を申告するタイミングは、決算期が終了した翌日から2カ月以内です（※）。

法人の決算期は自社の状況に応じて自由に決められます。例えば、決算期を9月末に設定している法人であれば、2カ月後の11月末までに税金の申告が必要です（※）。

ただし、法人税の申告期限の延長の特例を税務署に申請すると、法人税の申告期限を1カ月延長できます。申請書の提出期限は事業年度の終了日まで、または連結事業年度が終了した翌日から45日以内です（※）。

※参考：国税庁「C1-17　定款の定め等による申告期限の延長の特例の申請」.“概要”“［提出時期］”.https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/hojin/annai/1554_12.htm ,（参照2024-06-28）

※参考：国税庁「申告と納税」.“主な国税の申告期限及び納期限等”.https://www.nta.go.jp/publication/pamph/koho/kurashi/html/06_1.htm ,（参照2024-06-28）

M&Aで資産を売却する際は税金を考慮して慎重に手続きを進めよう

一般的に、M&Aの会社売却では、多額の税金がかかります。個人・法人のどちらであるかだけでなく、会社売却の方法によっても税金の種類や計算方法が異なるため、事前の準備として、まずは自社に関わる税金の基本知識を押さえることが大切です。

また、売却方法によっては税負担を軽減できるので、節税を考慮して複数の方法で会社売却を検討するとよいでしょう。

ただし、節税対策は確実に保証されたものではありません。場合によっては、支払うべき税金が増加する可能性もあります。M&Aの会社売却を行う際は、税金への理解を深め、慎重に手続きを進めましょう。

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